L'allevamento degli ovini in Toscana risale all'epoca etrusca, ma per avere notizie storiche certe sul Pecorino Toscano bisogna aspettare i Romani: fu Plinio il Vecchio nella Naturalis Historia a descrivere per primo la produzione del cacio della zona di Luni (oggi Lunigiana). Nel XV secolo il Pecorino Toscano era noto come 'cacio marzolino' in quanto la produzione iniziava tradizionalmente nel mese di marzo per protrarsi durante tutta la primavera. Questo formaggio, che a metà del 1800 era già un prodotto caratteristico, preparato con precise tecniche di produzione, fu alimento molto apprezzato da personaggi illustri del calibro di Lorenzo il Magnifico e Papa Pio II Piccolomini.

Il formaggio a denominazione d'origine pecorino Toscano deve recare apposto all'atto della sua immissione al consumo l'apposito logo identificativo. Sotto il logo viene riportato un numero di due cifre che identifica il produttore e lo stagionatore o confezionatore certificato che provvede all'immissione in commercio del prodotto. Sul prodotto a pasta tenera l'apposizione del marchio di origine deve avvenire con timbro ad inchiostro, sullo scalzo della forma; per il prodotto stagionato è invece prevista la marcatura a fuoco sempre sullo scalzo della forma. Per il prodotto destinato ad essere confezionato sotto vuoto o in atmosfera modificata la marcatura può essere effettuata utilizzando buste che riportino stampato il marchio di origine del pecorino toscano ed il numero del caseificio, stagionatore o confezionatore certificato.