La tradizione della produzione di prosciutti nella zona del comune di Carpegna risale all'epoca in cui Carpegna era un 'vicus' del vicino municipio romano di Pitinum Pisaurense. Questa zona è sempre stata piena di selve, con larga prevalenza di querce che costituivano una base alimentare per l'allevamento dei suini. La prima testimonianza della tradizione di salare prosciutti e altre carni consiste in un atto del 1407, con cui il conte Guidantonio di Urbino ordinava che ogni lunedì si facesse mercato in Montecerignone (paese confinante con Carpegna) e proibiva di vendere altrove buoi, ovini, castrati, pecore, porci e carni salate. L'importanza del sale nella contea di Carpegna per conservare la carne suina è testimoniata già nel Medioevo e venne sottolineata nel 1468, quando Malatesta Novello signore di Cesena vendette le saline di Cervia alla Serenissima Repubblica di Venezia, fatto salvo il diritto della contea di Carpegna a utilizzare liberamente il sale estratto. In una tela raffigurante Sant'Antonio (databile al XVII-XVIII secolo), che si può ammirare nella chiesa di San Leo in Carpegna, viene rappresentato un prosciutto, testimonianza dell'importanza di questa produzione. Questa tradizione è continuata in maniera artigianale finché, intorno ai primi anni '70, ha assunto caratteristiche industriali, sia pure nel pieno rispetto delle tecniche tradizionali.

Il prosciutto di Carpegna si riconosce grazie al marchio a fuoco recante il logo autorizzato dal consorzio.