La produzione del Prosciutto San Daniele deriva dall'usanza celtica, affinata poi in epoca romana, di conservare le carni con l'aggiunta di sale. In epoca medievale, quando la città di San Daniele era residenza estiva del Patriarca di Aquileia, su volontà di quest'ultimo, le tasse vennero pagate, per lungo tempo, sotto forma di prosciutti. Questo prodotto fu sempre apprezzato da principi e sovrani, tanto che è documentata una sua spedizione ai principi di Ungheria, nel XVII secolo, e la sua presenza nelle mense del Concilio di Trento. Tra gli estimatori illustri di epoca recente, si annovera Gabriele D'Annunzio. La diffusione su scala semi-industriale della produzione di prosciutto San Daniele si registra intorno agli inizi del XX secolo.

Il prosciutto di San Daniele, nell'ambito della disciplina della Dop, è contrassegnato da un marchio a fuoco inconfondibile che, essendo apposto alla fine della lavorazione sotto la stretta sorveglianza del Consorzio, garantisce tutti i requisiti e i controlli previsti dalla legge e, con essi, lo standard produttivo e qualitativo del prosciutto. Il marchio finale, tuttavia, è solo la parte terminale di un lungo processo di certificazione, che lascia sul prosciutto, a ogni passaggio, la "firma" del produttore che garantisce la standardizzazione dei requisiti che gli competono. Il contrassegno è' costituito dalla denominazione Prosciutto San Daniele in forma circolare recante, nella parte centrale, la rappresentazione stilizzata di un prosciutto con l'indicazione della sigla SD. Sotto lo zampino del prosciutto, al posto delle cifre "00", sono riportate le due cifre che rappresentano il numero di identificazione del produttore.